Domnitorul Al. I. Cuza cumpără în anul 1862 palatul de la Ruginoasa. După ce este reparat, în 1864 principele Alexandru şi Elena fac inaugurarea cu prilejul sărbătorilor de Paşti. Cuza şi soţia sa, Elena Doamna, au găsit aici un loc liniştit, de refugiu, iar domnitorul intenţiona ca, prin acest gest, să arate celor din Moldova că se simte în continuare legat de ei, deşi Bucureştiul devenise capitala României.

În primăvara anului 1873, se auzi vestea morţii Măriei Sale. A murit în exil, în hotelul Europa din Heidelberg (Germania), iar rămăşiţele pământeşti ale Domnitorului Alexandru Ioan Cuza au fost aduse şi înhumate lângă biserică. Elena a rămas o perioadă la Ruginoasa. Biserica este reparată în anii 1907-1908, când Doamna Elena face un cavou în biserică, unde aşează osemintele Domnitorului unirii şi a celor doi fii adoptivi, Alexandru şi Dimitrie.

Osemintele Domnitorului Alexandru Ioan Cuza nu mai sunt în cavoul din biserica de la Ruginoasa – aşa cum dorise el – întrucât au fost luate în timpul celui de-al doilea război mondial şi duse la Mănăstirea Cozia, iar la înapoiere, biserica fiind distrusă parţial, au fost aşezate la biserica Trei Ierarhi din Iaşi unde se află şi in prezent.